Prácticamente todas las referencias a Alvarado mencionan como mínimo su carácter enérgico; la mayoría lo elevan a crueldad. A veces se asocia incluso su nombre al genocidio, tanto por su iniciativa en la Matanza de Tóxcatl, como por su posterior participación en el sitio de Tenochtitlan, y sobre todo por la violencia extrema de sus acciones en Centroamérica.