En el año 1527 el capitán Alonso de Luarca, al mando de una compañía de españoles e indígenas auxiliares, acompaña a Pedro de Portocarrero (lugarteniente de Pedro de Alvarado y casado con Leonor Alvarado Xicotencatl, hija de Pedro de Albarado) a sofocar el levantamiento de los cakchiqueles del valle de Sacatepéquez. Después de fuertes enfrentamientos se logró pacificar la zona. A pesar de ello, la ciudad capital de Santiago de Guatemala, de la que fue primer alcalde Gonzalo de Alvarado, sería definitivamente trasladada en 1542 al valle de Panechoy.
Finalmente, Gonzalo de Alvarado falleció en México, donde testó el 11 de enero de 1541.
Finalmente, Gonzalo de Alvarado falleció en México, donde testó el 11 de enero de 1541.