En la segunda semana de febrero de 1525 ocurrieron dos sucesos importantes: Pedro de Alvarado sanó de la herida que lo tenia postrado y recibió un refuerzo de 200 soldados españoles procedentes de México. El Adelantado preparó una expedición fundadora hacia Cuzcatlán y puso al frente de ella a su hermano el capitán Gonzalo de Alvarado. En esta campaña figuraban también: Diego de Holguín, Francisco Díaz, Alonso de Oliveiros y muchos colonizadores españoles. La empresa fue coronada con éxito: alrededor del 11 de abril de 1525 y en las inmendaciones del fuerte indiano de Cuzcatlin (actual municipio de Antiguo Cuzcatlán), Gonzalo de Alvarado fundó una colonia, con el título de villa y el nombre de San Salvador, bajo deseos de su hermano Pedro por haber salvado su vida en las batallas del año precedente. Conforme a la usanza de la época, en nombre y representación de su hermano el capitán Pedro de Alvarado, Gonzalo eligió como alcalde de esta nueva villa a Diego Holguin. Esta primera villa fue destruida por los Cuzcatlecos un año después, obligando a sus pobladores a salir del lugar. No fue hasta el año 1528, que definitivamente se fundó la nueva Villa de San Salvador en el lugar conocido como La Bermuda en las cercanías de Suchitoto, esta vez por Diego de Alvarado, primo de Pedro de Alvarado, bajo la advocación de la Santísima Trinidad.