En 1529, tras la firma de la Capitulación de Toledo, la Corona española autorizó a Pizarro la conquista y gobernación de Perú, que pasó a denominarse Nueva Castilla. Reunidos Almagro y Pizarro en 1532, iniciaron desde Cajamarca la conquista del territorio de los incas y, después de ejecutar al soberano Atahualpa, partieron hacia Cuzco. Ocupada esta ciudad en 1533, Almagro marchó a tomar posesión del litoral peruano y fundó la ciudad de Trujillo, superando mediante negociación las aspiraciones del conquistador Pedro de Alvarado. En 1535 el emperador Carlos I recompensó a Almagro con la gobernación de Nueva Toledo, al sur de Perú, y el título de Adelantado de las tierras más allá del lago Titicaca, en los territorios del actual Chile.