Almagro trabajó por algún tiempo con Vasco Núñez de Balboa, en ese tiempo encargado de Acla, que con los materiales de la expedición de Espinosa quería construir un barco, recortarlo y reconstruirlo en el Mar del Sur (el Pacífico). Sin embargo, según los datos obtenidos, no hay indicios de que participara en la expedición de Balboa y es más probable que regresara a Darién.