Hijo de Francisco de Mercado e Isabel de Alderete, llegó a América, concretamente a Perú en 1535 bajo las órdenes de Diego de Rojas, quien quería emprender la conquista del Gran Chaco. La expedición tuvo varias dificultades, alcanzando a llegar hasta el río Pilcomayo. Alderete se estableció en Tarija, hasta que se integró a la hueste que Pedro de Valdivia organizaba para emprender la conquista de Chile.