El cabildo de Santiago, sin embargo, no capituló a la fuerza, por lo que Aguirre mandó a su hijo Hernando con una parte de sus tropas, que fueron desarmadas en Santiago. Finalmente el conflicto se resolvió cuando se le envió una petición a la Audiencia de Lima, la cual determinó que los cabildos debían tomar el mando por seis meses, hasta que el Virrey designase un nuevo Gobernador, y si expiraba el plazo, Villagra sería el Gobernador, quedando entretanto a cargo del ejército en el sur. Aguirre quiso desconocer el fallo, pero la poca fuerza que tenía no le iba a bastar para derrotar a Villagra si hubiese un enfrentamiento, por lo que lo aceptó de muy mala gana.
Había llegado en 1557 el nuevo gobernador designado por el Virrey Andrés Hurtado de Mendoza, quien era nada menos que su hijo, don García. Entre las primeras acciones del nuevo gobernador, se tomó presos a Aguirre y a Villagra, a pesar de que se habían portado muy corteses frente a él.
Había llegado en 1557 el nuevo gobernador designado por el Virrey Andrés Hurtado de Mendoza, quien era nada menos que su hijo, don García. Entre las primeras acciones del nuevo gobernador, se tomó presos a Aguirre y a Villagra, a pesar de que se habían portado muy corteses frente a él.