En enero de 1569, presionado por sus compañeros de expedición, estableció por primera vez la institución de la encomienda en el interior del territorio, aunque no tenía facultades legales para ello. En el reparto atribuyó a la Corona la encomienda sobre algunos importantes reinos indígenas, como Quepo y Pacaca, pero la distribución que hizo fue objeto de acerbas críticas, ya que dejó de lado a conquistadores que tenían varios años de estar en la provincia para favorecer a quienes habían venido con él, y además dio a su hijo Diego López de Ribera la encomienda sobre el numeroso pueblo de los Cotos o Coctus.