En 1839 fue designado miembro de la Real Sociedad de Londres. Y se casó con Emma Wedgwood. La familia Wedgwood, emparentada con la Darwin, era extremadamente religiosa, y Emma, que conocía con anterioridad las teorías de su marido, comenzaba a temer por la salvación de su alma. También ese mismo año se publicaron los 3 volúmenes del Viaje del Beagle, y el Diario del Viaje fue publicado en un volumen separado.