Para este momento ya había escrito el “Cuaderno Rojo”, en el que investigaba las causas por las cuales a la extinción de un determinado tipo de llama en Sud América, seguía la aparición de un nuevo tipo. El “Cuaderno B”, de 1837, indagaba acerca de las evidencias de transmutación de las especies, sobre la capacidad de adaptación de los seres vivos a un entorno cambiante, sobre la formación de nuevas especies, y sobre las similitudes entre especies diferentes. En este cuaderno destacaba el “árbol genealógico” de las especies, en el que se sugería un único antecesor para todas. En 1838 comenzó el “Cuaderno C”, que se enfocaba particularmente en la distribución de las especies, la relación entre hábitos y medioambiente, y las conductas adaptativas, siempre basado en su teoría de la transmutación. Los conceptos de “aptitud” y “lucha por la supervivencia” comenzaban a rondar en su cabeza, después de observar que ciertas especies parecían simplemente desaparecer, mientras otras se adaptaban a los cambios en su hábitat.