Durante unos años, se dedica a escribir tratados sobre zoología y botánica y relatos de sus viajes. Finalmente, su ensayo “Sobre el origen de las especies” se publica en 1859. Contrariamente a lo que Darwin había supuesto, es un éxito de ventas, y comienza inmediatamente a trabajar sobre una segunda edición. Pero sigue teniendo problemas con sus colegas, muchos de los cuales rechazan sus ideas.