El 29 de mayo de 1493, se libran las órdenes para iniciar los preparativos para el segundo viaje, que contará esta vez con la participación de seis sacerdotes, cuya finalidad es “llevar la fe a los nativos”. A comienzos de julio, Colón llegó a Cádiz, puerto elegido como punto de partida para la nueva expedición transoceánica. Este viaje ya no se trataba de una expedición exploradora, sino que su finalidad era comenzar la colonización de las tierras descubiertas, lo que implicó que se fletaran 17 naves y se reclutaran, además de marinos, soldados y colonos en un número que ronda los 1.200. Se proveyó a las naves de aprovisionamiento para seis meses y se embarcaron además, semillas, plantas, animales y todas las herramientas necesarias para la fundación de varias factorías. Todo el personal era contratado por la Casa Real, salvo unos 200 voluntarios. De las 17 naves participantes en el segundo viaje, se conoce el nombre solo de unas pocas, entre las que se cuentan “La Niña”, participante del primer viaje, y la “Santa María”, homónima de la malograda en el primer viaje y el mayor de todos los buques. Constituían la flota varias carabelas más y varias embarcaciones pequeñas, llevadas con la misión de explorar las zonas de los bajíos.