Precisamente, de camino a Granada tuvo Juana su último alumbramiento, naciendo una niña llamada Catalina, el día 14 de enero de 1507, en Torquemada. Juana no deseaba el gobierno del reino y mandó llamar a su padre para que se hiciera cargo de los asuntos de Estado como regente de Castilla. Dando muestras de enajenación mental, no se cambiaba de vestido ni se aseaba, e iba acompañada del féretro de su esposo. Fernando, viendo esta situación y aprovechando que definitivamente tenía el control de Castilla, decide encerrar a Juana en Tordesillas. Corría el mes de enero de 1509 y allí permaneció el resto de sus días, vestida siempre de negro y haciendo una vida retirada, había días en que se la oía llorar llamando desconsoladamente a su esposo, incluso hay quienes sostenían en la época que se la escuchaba dialogar con él como si éste estuviera presente. Todo esto contribuyó a acentuar su problema mental.