El abducido una vez dentro de la nave, es despojado de sus ropas y se le somete a un reconocimiento médico en una cámara contigua, de aspecto clínico, con paredes blancas y una «mesa de operaciones», semejantes a las de los quirófanos, en el centro del habitáculo. El reconocimiento es llevado a cabo por los propios humanoides, aunque no son pocos los casos en que las tareas clínicas son llevadas a término por entidades que parecen estar en un plan de dependencia de otras, generalmente más altas y más «humanas», que aplican diversos aparatos al abducido, le toman muestras de sangre, a veces de semen, de cabellos, de piel, etc., y si se trata de una mujer, le hacen lo que parece ser un «reconocimiento ginecológico», introduciéndole por el ombligo una larga aguja. En algunas ocasiones finalizan con la implantación de «algo» en la nuca o bajo el cuero cabelludo (¿un microaparato?). Sin embargo, a pesar de todos los esfuerzos empleados en tratar de localizar estos implantes, muy pocos casos han acabado arrojando alguna clase de «prueba».