Holmes fue condenado a muerte por el Tribunal de Filadelfia y ahorcado el 7 de mayo de 1896 y conforme a su petición su cuerpo fue puesto en un ataud de pino y enterrado a 10 pies sobre cemento, así su cuerpo permanecería seguro bajo tierra pues no quería que ladrones o científicos médicos lo pudieran estudiar. Solo tenía 35 años.