Las continuas desapariciones de los niños cerca de las propiedades de Rais eran motivo de especulaciones, si bien nadie se atrevía a acusar directa y abiertamente a Rais ya que aunque empobrecido seguía siendo un personaje poderoso y realmente de temer. Sin embargo los crímenes de Rais no quedarían impunes, el duque de Bretaña hizo investigar las desapariciones de estos niños llegando al resultado de la culpabilidad de Rais en la perpetración de los crímenes, fue apresado en su castillo de Machecoul en septiembre de 1440. El duque lo hizo comparecer acusado del asesinato de por lo menos 140 niños y adolescentes, pero Rais se negó a declararse culpable razón por la que fue sometido a las más diversas torturas.