Los hipopótamos se encuentran asimismo en ríos y lagos de montaña, hasta 2.000 m. De altitud o más, siempre que la temperatura del agua no sea inferior a 18 °C. En zonas más bajas, el agua tampoco debe superar los 36 °C, pero no es imprescindible que ésta sea dulce. Capaces de cruzar brazos marinos, estos animales se adentran a veces en las aguas marinas de los estuarios, donde en más de una ocasión se han vistos obligados a entablar combate con los tiburones. Aunque evitan las pluvisilvas donde apenas crece la vegetación herbácea, los hipopótamos se adentran en zonas de selva no muy densa, donde prefieren los ríos de orillas bajas o por lo menos arenosas y fácilmente excavables, par que los caminos de salida y acceso al agua no tengan demasiada inclinación.