El hipopótamo malgache era bastante menor que su congénere africano y es probable que su extinción se debiera a la destrucción del hábitat y a la persecución de que fue objeto por los primeros habitantes humanos de la isla. Por estas y otras razones –por ejemplo la desertización del Sahel- también el hipopótamo común ha sufrido abundantes desapariciones locales, lo que ha dado como resultado una disminución de su área de distribución original. Así, por ejemplo, aunque sigue habiendo hipopótamos en el valle del Nilo, éstos ya no remontan el río hasta más allá de Jartum, en Sudán, ya que el último hipopótamo de Egipto fue abatido en 1816. Pese a la desaparición de muchas de sus poblaciones, especialmente en el sur y el oeste, el hipopótamo común continúa ocupando gran parte de las regiones del África subsahariana que le ofrecen un hábitat apropiado.