Durante el Plioceno (5,3-1,8 millones de años) y hasta bien entrado el Pleistoceno muchas especies de hipopótamos se difundieron por Asia Europa y África, único continente este último donde han perdurado hasta hoy en día. Hace 120.000 años, es decir, poco después de que aparecieran los primeros hombres de nuestra especie, un gran hipopótamo (Hippopotamus major) chapoteaba en los ríos de la península Ibérica. Hasta hace apenas 10.000 años, Creta y Chipre albergaban un hipopótamo pigmeo (Phanourios minutus), cuya extinción fue probablemente acelerada por el hombre, en tanto que Madagascar albergó hasta hace unos mil años un hipopótamo de tamaño mediano, H. lemerlei, cuya extinción también es probable que deba achacarse al hombre.