En otras zonas, los guanacos realizan migraciones estacionales, tanto laterales como altitudinales, para pasar el invierno en lugares más resguardados, o bien para huir de la extrema sequía. En la provincia de San Juan, en Argentina, los guanacos defienden sus territorios de diciembre a abril, pero fuera de esta época se congregan en grandes grupos que se desplazan a zonas protegidas para pasar el invierno. En el sur de Chile, los guanacos realizan migraciones similares en busca de pastos y arbustos menos cubiertos por la nieve.