El Ninjutsu fue desarrollado por grupos de personas principalmente de las provincias Iga y Koga, Shiga de Japón. A través de la historia los shinobi fueron vistos como asesinos por contrato, y fueron asociados con actividades consideradas ilegales según los estándares modernos. Aunque se creía que había llegado mediante los expatriados de China, el ninjutsu es de origen japonés. Se cree que estuvo muy influenciado por los principios estratégicos de Sun Tzu. A través de la historia diferentes escuelas desarrollaron su versión única del ninjutsu. Un ejemplo de esto es el Togakure-ryu. Este ryu se desarrolló luego de que un guerrero samurai derrotado llamado Daisuke Tokagure escapó de la región de Iga. Posteriormente entró en contacto con el guerrero-monje Kain Doshi, quien le enseñó una nueva manera de ver la vida y el significado de la supervivencia (ninjutsu).