Los ninjas también usaban unas espadas cortas llamadas ninjato o shinobigatana. Las Ninjato son más pequeñas que las katana pero más largas que las wakisashi. La ninjato a menudo era más una herramienta útil antes que un arma, ya que no tenía el complejo tratamiento de un arma usual. Otra versión de la espada ninja era la shikoro ken. Esta espada se supone que se usaba para ganar la entrada a los edificios, y también se usaba para cortar o acuchillar a los enemigos.