El cambio más grande fue impulsado por el trabajo del entomólogo Willi Hennig en la década del ’50, el cual evolucionó en la cladística moderna. Para los especímenes conocidos sólo a partir de los fósiles, el análisis riguroso de los caracteres que determinan las relaciones evolutivas entre distintos grupos de animales (Clades) probó ser extremadamente útil. Cuando el análisis cladístico de base computacional llegó en los ’90, los paleontólogos se convirtieron en uno de los primeros zoólogos en adoptar el sistema sin reservas. El escrutinio progresivo y el trabajo sobre las interrelaciones de los dinosaurios, junto con la ayuda de los nuevos descubrimientos que iluminaron algunas relaciones inciertas, comenzaron a impulsar una clasificación estable desde mediados del 2000. Aunque la cladística es el método clasificatorio predominante entre los paleontólogos profesionales, el sistema lineano todavía está en uso, sobre todo en trabajos de divulgación popular.