Desde el principio, la liga tomó en cuenta el sistema de clanes utilizado por las cinco tribus desde tiempo inmemorial; cada uno tenía varios nombres que servían para definir su función dentro de la tribu; los 50 jefes que componían «la lista de jefes» eran elegidos entre los miembros de los clanes correspondientes. Por lo tanto, se mantuvo la antigua organización social, dando a la liga una estabilidad y unidad que no habría conseguido si se hubiera descartado la estructura social básica. Los Mohawk, Onondaga, y Seneca eran " los hermanos más mayores" o "tíos," mientras los Oneida, Cayuga, y Tuscarora eran " los hermanos más jóvenes" o "sobrinos."