La evidencia indica los iroqueses habían vivido en el hoy estado de Nueva York desde mucho antes de que llegaran los europeos. Hacia el 1350 las aldeas había llegado a ser más grandes y fortificadas debido a la contienda continua con otras tribus, y el canibalismo ritual comenzó alrededor del 1400. El Onondaga era una de las principales tribus iroquesas que pueden positivamente identificarse en Nueva York y parece haber surgido después de la fusión de dos aldeas entre 1450 y 1475. El origen de las otras cuatro tribus no es tan segura. Según la tradición iroquesa, ellos eran una tribu única en el Valle St. Lawrence. Para escapar a la dominación algonquina se movieron a Nueva York donde se dividieron en varias tribus.