Permaneció cautivo un tiempo, pero después logró fugarse y regresar. Se encontró con que el regente musulmán había cumplido en parte su cometido y pretendía casarse con su hermana. El retorno desató la ira de Munuza, quien envió tropas a apresarlo. Pelayo huyó a las montañas, internándose en la accidentada geografía de Asturias. Comenzó allí la historia épica de un héroe que, con todas las condiciones en su contra, incitaría a la rebelión a un puñado de montañeses indómitos frente al poderío colosal de los sarracenos. Utilizando el método de guerra de guerrillas, pusieron en jaque a las autoridades, pero pronto se volvieron muy conspicuos, y los musulmanes enviaron un temible ejército a las órdenes del general ´Alqama para sofocar la agitación. Los astures terminaron acantonándose en un valle angosto, delimitado por profundos acantilados y cubierto de frondosa vegetación, lo suficientemente estrecho como para impedir maniobras rápidas de cualquier tropa que decidiese arriesgar suerte en el ataque. Al fondo de este pequeño valle, a medida que iba convirtiéndose en un embudo, aparecía un monte que hoy se llama Covadonga, a cuyo pie se escondía una cueva en la que se rendía culto a la Virgen María quizás ya desde aquel entonces. No era muy grande esa cueva, quizás algo más de trescientos hombres podían ocultarse en ella. Hasta allí se adentró ´Alqama con sus huestes, confiado quizás en la organización de sus soldados, su superioridad numérica y la experiencia de haber visto cómo, una tras otra, cayeron las aldeas en sus manos, casi sin combatir. Los acompañaba un cristiano adicto al bando invasor, un vitizano recordado como don Oppas, quien intentó convencer al caudillo astur de lo inútil de la resistencia. Don Pelayo desoyó por completo la advertencia y decidió no esperar más para iniciar la pelea, a pesar de la desventaja. Los selectos batallones sarracenos avanzaron hacia el fondo del valle, pero los astures los atacaron desde los escarpados flancos, y las flechas de los musulmanes no servían de nada apuntadas hacia arriba contra enemigos que venían en bajada. En lo más reñido de la batalla, don Pelayo y un grupo de los suyos salieron de la cueva donde se guarnecían y arremetieron con tal violencia que provocaron una masacre entre las huestes enemigas, las cuales, tomadas por sorpresa, no atinaron a maniobrar. La matanza fue impresionante. ´Alqama murió en la contienda y tomaron prisionero a don Oppas. Gran parte de los musulmanes se desbandaron en la retirada, volviendo desordenadamente sobre sus propios pasos; muchos se arriesgaron a través de caminos de cornisa que los llevaron a más recónditas gargantas y abruptos desfiladeros donde se despeñaron o fueron ultimados, uno a uno, por los hombres de Pelayo.