Roger Williams, un puritano que no estaba de acuerdo con las decisiones de la comunidad, sostuvo que el estado no debía intervenir en cuestiones religiosas. Obligado a salir de Massachusetts en 1635, fundó la vecina colonia de Rhode Island, la cual garantizaba libertad religiosa y la separacidn del estado y la iglesia. Las colonias de Maryland, establecida en 1634 como refugio para católicos, y Pennsylvania, fundada en 1681 por el dirigente cuáquero William Penn, también se caracterizaron por su tolerancia religiosa. Esta tolerancia, a su vez, atrajo a otros grupos de colonizadores al Nuevo Mundo.