Existen incontables hipótesis acerca del origen real de las calaveras, llegando algunos a pensar que puedan ser el legado de inteligencias superiores o extraterrestres. La respuesta más obvia sería que los nativos de Centroamérica, aztecas y mayas, las tallaron por sí mismos, pero esta hipótesis no explica la los medios con que fueron creadas, ya que ninguna de esta culturas, por lo menos hasta donde sabemos, poseían la tecnología o el conocimiento necesarios para completar esta labor, a menos que realmente empleasen la técnica de fricción con arena, pero eso sería extremadamente pesado y costoso y como ya explicamos precisaría el trabajo de vidas enteras dedicadas a tan ardua labor ya que por este metodo se tardarían entre 150 y 300 años en conseguir tal perfección.