Otro elemento de desgaste fue el choque entre Jefferson y Hamilton, motivado por la radicalización de la Revolución francesa y el conflicto armado que asolaba Europa. Mientras que el secretario de Estado se inclinaba por el apoyo de Estados Unidos a la Francia revolucionaria, el secretario del Tesoro defendía la neutralidad ante la contienda. Washington, que al principio había tratado de mantener la armonía entre ambos, apoyó, una vez declarada la guerra europea, las posiciones de Hamilton y se decidió por la neutralidad. No tardó mucho tiempo en declarar sus simpatías pro británicas, a pesar de la enorme deuda que su país tenía con Francia, y ello trajo como consecuencia el debilitamiento de las relaciones con esta nación. Thomas Jefferson, por su parte, manifestó su disconformidad abandonando el gobierno y, ya desde la oposición, se opuso al centralismo del presidente.