Elegido para un segundo mandato en 1793, ante sus dudas fue Jefferson quien le convenció de que aceptara el cargo nuevamente. En esta segunda etapa de gobierno tuvo que abocarse a serios problemas, como el suscitado en el Oeste por la oposición a los impuestos sobre el aguardiente, que originó en 1794 una sublevación, conocida como Whiskey Rebellion, la cual fue reprimida por las tropas enviadas por orden del presidente.