Finalmente, la expedición llega a Cuzco en 1537. La ciudad está sitiada por las tropas indias dirigidas por el Inca Manco II. Almagro, que era un amigo del Inca le pide una entrevista, pero éste último se niega. Temiendo una alianza entre Almagro y Manco, el gobernador Hernando Pizarro siembra la confusión entre los indios quienes atacan la ciudad. Las tropas de Almagro se dispersan pero con los hombres que quedan a sus órdenes, logra poner fin al sitio y toma prisioneros a los hermanos Hernando y Gonzalo Pizarro.