Pizarro, entonces en Lima, decidió enviar su armada contra las tropas de Almagro, las que se enfrentaron cerca de Cuzco el 26 de abril de 1538. Esta vez, los pizarristas triunfan y Diego de Almagro es tomado prisionero. Francisco Pizarro fue a Cuzco y su desafortunado adversario fue condenado a la pena capital. Fue ejecutado el 8 de julio de 1538.