Sobre las ruinas de la capital, se comenzó a edificar iglesias y residencias españolas. Nuevas ciudades fueron fundadas, así como la nueva capital del Virreynato del Perú, Ciudad de los Reyes, el 18 de enero de 1536. Situada cerca del mar, en proximidad del puerto de Callao, la nueva capital (que más tarde se llamará Lima), se encontraba en un entorno más favorable, tanto desde el punto de vista natural como político.