Hijo ilegítimo del Capitán Hernando Pizarro y de Francisca González, Francisco Pizarro era un niño de pueblo (al contrario de otros conquistadores). Ciertos historiadores lo ven como porquero en su pueblo natal. Otros piensan que fue recogido por su abuelo materno, que trabajó como administrador hasta que se enganchó en la armada y fue a Italia bajo las órdenes de Gonzalo Fernández de Córdoba.