En el viaje fue raptado por los piratas que asolaban el Mediterráneo y que vivían del rescate que exigían por sus víctimas. La historia ha sido sin duda exagerada, pero el temor y el respeto que, según se ha repetido, los piratas llegaron a sentir por él, son ilustrativos de la arrogancia de César y de su capacidad para fascinar incluso a sus enemigos. Una vez libre reunió un pequeño ejército, fletó barcos y arremetió contra los piratas, a los que venció, quedándose él y sus soldados con todo cuanto poseían. Los supervivientes de la aventura fueron finalmente crucificados en Mileto, y César emprendió una inmediata campaña contra Mitrídates, que volvía a levantarse contra el imperio. Desconocía entonces el testamento de Nicomedes, hecho de singular importancia para él, ya que el rey de Bitinia le dejaba un legado que, junto con el botín de los piratas, saneaba su situación económica, siempre maltrecha.