Gran parte del esfuerzo desarrollado por el complejo cuerpo burocrático de Carlos V estaba destinado a resolver los problemas financieros derivados de las guerras en los distintos frentes. Castilla llevó el mayor peso de los gastos del imperio, aunque los dominios que más le importaban no eran los europeos sino los de América. De allí procedían los cargamentos de oro y plata, al tiempo que se ensanchaba una vía de comercio de importancia vital para el desarrollo del reino. Las finanzas marcaron desde el principio el imperio de Carlos V. Fueron los Fugger, los banqueros alemanes, quienes propiciaron la elección de Carlos y quienes en varias ocasiones procuraron empréstitos para financiar las continuas guerras imperiales. Pero no fue hasta 1540 cuando empezaron las verdaderas dificultades financieras de la corona. La situación llegó a extremos tan graves que los ingresos ordinarios por impuestos estaban gastados de antemano cuando se cobraban, y hasta los ingresos de Indias estaban comprometidos. Las campañas de Argel y las guerras contra Francia y contra los príncipes luteranos esquilmaron las arcas reales. En 1541, fracasada por segunda vez la cruzada africana contra el turco, la crisis económica se agudizó.