Entretanto, el reciente invento de la imprenta servía tanto para difundir las antiguas como las nuevas ideas, y la doctrina protestante había alcanzado una gran popularidad en Alemania. Las tesis luteranas se habían transformado no sólo en una crítica religiosa, sino en el germen de un movimiento político con fines de emancipación territorial y de secularización de los bienes eclesiásticos. Carlos, educado entre humanistas, coincidía con los luteranos en criticar las estructuras de la Iglesia. Consideraba que era ésta, y no la fe, la que debía ser objeto de una profunda reforma; había que acabar con la corrupción de los obispos, las ansias de riqueza, la intromisión en los asuntos públicos y el escandaloso comercio de las indulgencias. El mismo papa había llegado a autorizar a las mujeres la firma de contratos de indulgencias que luego debían pagar sus maridos.