En pocas semanas organizó el golpe de estado del 18 Brumario (según la nueva nomenclatura republicana del calendario: el 9 de noviembre) con la colaboración de su hermano Luciano, el cual le ayudó a disolver la Asamblea Legislativa del Consejo de los Quinientos en la que figuraba como presidente. Era el año de 1799. El golpe barrió al Directorio, a su antiguo protector Barras, a las cámaras a los últimos clubes revolucionarios, a todos los poderes existentes e instauró el Consulado: un gobierno provisional compartido en teoría por tres titulares, pero en realidad cobertura de su dictadura absoluta, sancionada por la nueva Constitución napoleónica del año 1800.