Instalado con su familia en Marsella, malvivió entre grandes penurias económicas que a veces les situaron al borde de la miseria; el horizonte de las disponibilidades familiares solía terminar en las casas de empeños, pero los Bonaparte no carecían de coraje ni recursos. María Leticia, la madre, se convirtió en amante de un comerciante acomodado Clary, el hermano José se casó con una hija de éste, Marie Julie, si bien el noviazgo de Napoleón con otra hija, Désirée, no prosperó. Con todo, las estrecheces sólo empezaron a remitir cuando un hermano de Robespierre, Agustín, le deparó su protección. Consiguió reincorporarse a filas con el grado de capitán y adquirió un amplio renombre con ocasión del asedio de Tolón, en 1793, al sofocar una sublevación contrarrevolucionaria apoyada por los ingleses; el plan de asalto propuesto a unos inexperimentados generales fue suyo, la ejecución también y el éxito infalible.