A poco sobrevino el fallecimiento del padre y, por este motivo, el traslado a Córcega y la baja temporal en el servicio activo. Su agitada etapa juvenil discurrió entre idas y venidas a Francia, nuevos acantonamientos con la tropa, esta vez en Auxonne, la vorágine de la Revolución, cuyas explosiones violentas conoció durante una estancia en París, y los conflictos independentistas de Córcega. En el agitado enfrentamiento de las banderías insulares, Napoleón se creó enemigos irreconciliables, entre ellos el mismo Paoli, al romper éste con la Convención republicana y decantarse el joven oficial por las facciones afrancesadas. La desconfianza hacia los paolistas en la familia Bonaparte se fue trocando en furiosa animadversión. Napoleón se alzó mediante intrigas con la jefatura de la milicia y quiso ametrallar a sus adversarios en las calles de Ajaccio. Pero fracasó y tuvo que huir con los suyos, para escapar al incendio de su casa y a una muerte casi segura a manos de sus enfurecidos compatriotas.