A pesar de todo, el de Leipzig (de 1723 hasta su muerte) fue el más glorioso y fructífero período de la vida del compositor, con una producción de, al menos, tres ciclos de cantatas; en ellas, sin abandonar el contrapunto, se despojó de toda retórica, esforzándose en representar musicalmente la palabra. En 1724 y 1727 estrenó respectivamente La pasión según San Juan (escrita en Köthen) y La pasión según San Mateo. Fue también el esplendoroso período del Magnificat en re bemol mayor (1723), el Oratorio de Pascua (1725), el de Navidad (1734), y el de la Ascensión (1735). En 1733 inició la composición de la magistral Misa en si menor para acompañar la solicitud en la que aspiraba a obtener del elector Augusto III el título de compositor de la corte de Sajonia. Tres años después lograba su propósito, lo que le recompensó por los sinsabores anteriores y sirvió para mortificar a cuantos lo habían hecho objeto de sus desdenes. Comenzaba la última etapa de su vida, que sería también la más plácida.