La estancia en Köthen (entre 1717 y 1723) fue más breve, probablemente porque el espíritu profundamente religioso de Bach aspiraba a una mayor dedicación a la música sacra. En cualquier caso, entre el príncipe Leopold de Köthen y el compositor nació una fructífera amistad y Bach pudo entregarse, en un clima acogedor y sosegado, a la creación de numerosas obras instrumentales y orquestales, entre las que destacan sus Conciertos de Brandemburgo, partitura cimera de la música barroca. Afortunadamente para la posteridad, disponía allí de un excelente conjunto instrumental completo, y a este período corresponden además las Sonatas y partitas, las cuatro Oberturas, las Invenciones para dos y tres voces y las Suites francesas. Acaso como compensación a sus obligaciones de compositor profano, compuso su primera pieza sacra de largo aliento: La pasión según San Juan.