La atmósfera de la corte, sin embargo, no estaba exenta de tensiones. El duque Wilhelm Ernst era un devoto pietista que intervenía personalmente en los aspectos más nimios del culto y para el que la composición y ejecución de la música sacra era una cuestión no sólo de fe, sino también de Estado. Y así, las intrigas teológico-palaciegas enfrentaron a Bach con el duque, quien llegó a encarcelar cuatro semanas al compositor cuando se enteró de que Bach había obtenido el nombramiento de maestro de capilla del príncipe Leopold de Köthen sin solicitar su autorización previa.