En la iglesia de San Blas, además de restaurar el órgano, organizar el coro, formar alumnos (entre ellos, a su devoto discípulo J. M. Schubert) y cumplir con sus funciones dominicales, Bach inició la composición de cantatas religiosas, la más importante de las cuales fue la titulada Actus tragicus. Su período de formación inicial parecía concluido. Tal vez ello fuese la razón principal que le movió a presentar su dimisión como organista de Mühlhausen, aunque los biógrafos suelen señalar otras más concretas: sobre todo, el conflicto musical-teológico que había dividido a los feligreses en dos bandos: los seguidores del pastor Frohne, pietista radical y enemigo de innovaciones musicales, y los del archidiácono Eilmar, amigo y protector de Bach, y padrino de su primer hijo. Es posible que, cogido entre dos fuegos, Johann Sebastian prefiriera dar a su carrera un cambio de rumbo al margen de unas tensiones teológicas que tan directamente le afectaban como responsable musical de la comunidad. Sus relaciones con las autoridades de Mühlhausen continuaron cordiales tras su dimisión en junio de 1708, y compuso para ellas una cantata en febrero de 1709, desgraciadamente desaparecida.