Bach ignoró estos comentarios; Arnstadt tenía ya poco que ofrecerle y sus intereses se dirigían hacia otros objetivos. En primer lugar, pretendía establecerse y formar una familia, lo que hizo al casarse el 17 de octubre de 1707 con su sobrina María Bárbara, una joven vital y encantadora. Siete hijos fueron el producto de su feliz matrimonio. Ese mismo año, el ya entonces reputado ejecutante solicitó la plaza de organista en la pequeña ciudad de Mühlhausen (libre por la muerte de su titular), que obtuvo el 24 de mayo, con el no desdeñable sueldo de 85 guldens.