Dicho estado de cosas no impide que existan fuertes críticas hacia la ufología, tanto epistemológicas como metodológicas y semánticas, que hacen que dicha disciplina se encuentre, por consenso general, entre las llamadas seudociencias. Desde el punto de vista epistemológico, se le critica que habitualmente sus expertos hacen afirmaciones infalsificables, es decir, afirmaciones que no pueden rebatirse (por ejemplo, «los ovnis vienen de Ummo»). Desde el lado metodológico, se critica que solamente se limita a observar las reacciones de grupos humanos pero sin entender sus causas; es decir, sin tomar en cuenta que dichas reacciones pueden provenir de fenómenos de histeria colectiva, modas o bromas recurrentes. En el lado semántico, se considera como altamente dudoso que la Tierra sea tan visitada por extraterrestres («la Tierra sería la encrucijada del Universo», afirmaba Arthur C. Clarke en broma), como parece serlo según la ufología: considerando la extensión del cosmos, el esfuerzo necesario para viajar hasta la Tierra, y la posterior carencia de contacto hace que su presencia resulte un absurdo.