Pero si fue doloroso encontrar los cadáveres de 33 jóvenes incautos, peor resultó saber que su asesino ya había dado muestras de lo que era capaz de hacer. Poco después de casarse por primera vez, comenzaron a circular insistentes rumores sobre la tendencia de Gacy a rodearse de jóvenes varones. Rumores que sus vecinos vieron confirmados cuando el amable John fue acusado formalmente por un juez de violentar sexualmente a un niño de la ciudad de Waterloo. Él siempre sostuvo que las acusaciones no eran más que un montaje creado por el sector crítico de una de las asociaciones cívicas a las que pertenecía. Pero cuatro meses más tarde, la mesa del juzgado recibía la documentación de una nueva denuncia. La propia víctima del supuesto ataque sexual había sido apaleada. El agresor, un joven de 18 años con dudosa reputación, declaró que fue Gacy quien le pagó para escarmentar al niño que le acusaba. El caso estaba claro: Gacy fue sentenciado a 10 años de prisión en la penitenciaría de Iowa. La historia de un asaltador de menores parecía tocar felizmente a su fin…, cuando en realidad, no había hecho más que empezar. Incomprensiblemente, Gacy salió de la cárcel un año y medio después, aireando un indulto concedido en atención a su buen comportamiento y las "evidentes muestras de reforma dadas por el reo".