Con su testimonio y los restos de las víctimas los agentes tenían pruebas suficientes como para acusarlo, y le recomendaron la defensa de un abogado. Nilsen rechazó toda defensa legal en un principio, considerando que era capaz de defenderse solo, pero finalmente los mismos agentes le consiguieron un representante para el juicio. Su primer abogado le aconsejó declararse culpable, pero cuando su caso llegó al Tribunal de Old Bailey, ya había cambiado de letrado. Este le había dicho que cambiase su primera alegación por la de "responsabilidad disminuida" debida a un trastorno mental.