Durante sus años de prisión Jerry Brudos no lo pasó muy bien, siendo blanco frecuente de ataques. En uno de los cuales le provocaron una fuerte herida en el cuello que requirió decenas de puntos de sutura. Llegó el día en que Brudos se negaba dar entrevistas y en ventilar de nuevo sus crímenes con tal de que nadie mas se enterase en la prisión de sus pasadas monstruosidades. Se supo que en su celda tenía apilados numerosos catálogos de calzado, que frecuentemente solicitaba por correo. Luego fue conocido por ser un genio de las computadoras. Durante mucho tiempo insistió al comité de libertad bajo palabra, que ya estaba reformado y listo para salir, pero siempre le fue negada la moción. El 28 de Marzo del 2006 a los 69 años falleció en prisión de causas naturales. Aunque se menciona que estaba en tratamiento por cáncer de colon.