La presencia cada vez menor de las tropas de la Unión en el oeste dejó atrás milicias que fomentaron los levantamientos nativos y las escaramuzas con los habitantes. El presidente Lincoln tenía poco tiempo para formular una nueva política indígena. Algunas tribus tomaron lados en la guerra, incluso formaron regimientos que se unieron a la Unión o a la causa rebelde, mientras otros tomaban la oportunidad de vengar errores pasados del gobierno federal. Los enfrentamientos contra los indígenas se lucharon en Utah (Shoshones), Colorado (Apaches), y Nuevo México (Navajo). Dentro del ‘territorio indígena’ (posteriormente Oklahoma), surgieron conflictos entre las Cinco Tribus Civilizadas, algunas de las cuales se aliaron al sur ya que estaban a favor de la esclavitud.